Lembre que ao desativar o WooCommerce você vai desativar vários plugins que depende do WooCommerce ao mesmo tempo.
O plugin do PagSeguro não pode causar isso, porque vai apenas conectar com o PagSeguro na hora de fazer o pagamento ou quando PagSeguro envia o POST da notificação sobre o status do pedido.
Como eu falei, o plugin espera pelo PagSeguro e não fica requisitando o tempo todo como você pensava!